Năm 2001, trước tình hình môi trường sống đang bị đe dọa nghiêm trọng, Tập đoàn Carousel Productions lập ra hai cuộc thi sắc đẹp Hoa hậu Trái Đất Philippines (Miss Philippines Earth) và Hoa hậu Trái Đất nhằm tìm ra một người hội tụ đủ các tiêu chí: sắc đẹp, trí thức, trách nhiệm,... tham gia các hoạt động giữ gìn và bảo vệ môi trường. Cuộc thi lấy khẩu hiệu "Beauty For a Cause" (Sắc đẹp vì một mục tiêu). Từ năm 2002, kênh truyền hình ABS-CBN sẽ đảm nhiệm việc phát sóng đêm chung kết hai cuộc thi Hoa hậu Trái Đất và Hoa hậu Trái Đất Philippines.

Trong suốt những năm đầu tiên tổ chức, Hoa hậu Trái Đất luôn được giới truyền thông đánh giá rất cao vì khâu tổ chức hoành tráng, chất lượng các thí sinh tham gia và đặc biệt là do mục đích hết sức cao cả là bảo vệ môi trường sống. Cuộc thi đã thu hút được 80 thí sinh tham dự ở lần tổ chức thứ 5, con số mà Hoa hậu Hoàn vũ phải mất 26 năm mới làm được hay có những cả quốc gia hồi giáo - nơi mà các cuộc thi sắc đẹp không được khuyến khích tổ chức như Afghanistan, Pakistan đăng ký tham dự và ngay cả Cuba - đất nước nơi chính phủ đã ra quyết định đình chỉ các cuộc thi nhan sắc từ cuối thập niên 1950 cũng tham gia. Cuộc thi còn vinh dự được trang web Global Beauties xếp vào nhóm các cuộc thi sắc đẹp uy tín nhất thế giới (Grand Slam) khi có tuổi đời còn rất non trẻ.

Tuy nhiên, bắt đầu từ sau năm 2010, cuộc thi bước sang thời kỳ "xuống cấp" rõ nét với hàng loạt bê bối.[1] Sự bê bối này lên đến đỉnh điểm khi vào năm 2012, một tờ báo của Nga công bố video việc bà Lorraine Schuck, chủ tịch cuộc thi thương lượng về việc mua giải với các phóng viên điều tra giả dạng làm khách hàng.[2] Sau sự cố đó, Hoa hậu Trái Đất đã bị khai trừ khỏi danh sách các cuộc thi Grand Slam.

Cuộc thi còn vướng phải scandal như khẩu phần thức ăn cho thí sinh nghèo nàn,[3] tổ chức thiếu chuyên nghiệp,[4] và bị tố cáo thiên vị quá đáng cho đại diện nước chủ nhà Philippines.[5]

Năm 2018, 3 thí sinh của cuộc thi gồm các hoa hậu đến từ Canada, Anh và Guam đã tố cáo bị một nhà tài trợ quấy rối tình dục nhưng khi thông báo với ban tổ chức, họ không hề nhận được sự giúp đỡ nào.[6]